中华皮肤科杂志 ›› 2019, Vol. 52 ›› Issue (10): 736-742.doi: 10.35541/cjd.20190197
白周现 陈晨 苏利沙 徐慧 王聪慧 时盼来 孔祥东
Bai Zhouxian, Chen Chen, Su Lisha, Xu Hui, Wang Conghui, Shi Panlai, Kong Xiangdong
摘要: 【摘要】 目的 探讨低深度全基因组测序技术检测拷贝数变异(CNV)在缺失型X连锁鱼鳞病(XLI)基因诊断及产前诊断中的应用价值和意义。方法 收集2018年在郑州大学第一附属医院行CNV检测的3 616例案例资料及7例鱼鳞病患者或家系单基因检测资料。3 616例样本包括2 891例孕妇产前检测样本(主要为羊水,部分为胎儿绒毛,极少数为脐血样本)和725例其他受试者的外周血检测样本。分别提取羊水细胞和外周血等基因组DNA,应用低深度全基因组测序CNV检测技术(CNV-Seq)检测受试者DNA。定量PCR(qPCR)及单核苷酸多态性(SNP)-比较基因组杂交(CGH)微阵列法验证CNV-Seq检出的CNV。参考人群多态性数据库DGV、病例数据库DECIPHER、基因剂量效应数据库ClinGen、人类孟德尔遗传在线数据库OMIM等分析检出的CNV致病性。结果 3 616例CNV检测案例中,6例孕妇产前检测样本存在Xp22.31缺失,包括5例男性胎儿和1例女性胎儿。检出的Xp22.31缺失片段覆盖XLI(主效基因STS)区域。经胎儿父母CNV验证,其中2例为自发突变,4例为父源或母源遗传。qPCR验证此6例胎儿,其中1例女性胎儿为STS基因完全杂合缺失携带者,5例男性胎儿STS基因完全缺失。SNP-CGH微阵列法验证1例女性胎儿杂合Xp22.31缺失携带者,结果与CNV检测结果一致。7例鱼鳞病患者进行鱼鳞病基因panel检测显示,丑角样鱼鳞病1例,寻常型鱼鳞病2例,XLI 3例,未找到致病基因突变1例。对其中2例缺失型XLI患者进行CNV检测显示,存在Xp22.31缺失。此外,3 616例CNV测序案例中发现16例存在Xp22.31重复,但均为正常表型个体或胎儿。结论 CNV-Seq检测技术稳定可靠,能够筛查全基因组范围内的CNVs,可用于缺失型XLI的基因诊断及产前诊断。包含STS基因的Xp22.31片段缺失可导致XLI,而含STS基因的Xp22.31片段重复为多态性变异可能性大。
白周现 陈晨 苏利沙 徐慧 王聪慧 时盼来 孔祥东. 低深度全基因组测序拷贝数变异检测技术对缺失型X连锁鱼鳞病的检测效力及意义的分析研究[J]. 中华皮肤科杂志, 2019,52(10):736-742. doi:10.35541/cjd.20190197
Bai Zhouxian, Chen Chen, Su Lisha, Xu Hui, Wang Conghui, Shi Panlai, Kong Xiangdong. Application of low-depth whole-genome sequencing for copy number variations in genetic diagnosis of X-linked ichthyosis due to STS gene deletion[J]. Chinese Journal of Dermatology, 2019, 52(10): 736-742.doi:10.35541/cjd.20190197